Nông nghiệp hữu cơ là một hệ thống sản xuất nhằm duy trì sức khỏe của đất, hệ sinh thái và con người: dựa chủ yếu vào các quy trình sinh thái, đa dạng sinh học và các chu trình thích nghi với điều kiện địa phương hơn là sử dụng các yếu tố đầu vào mang đến những ảnh hưởng bất lợi. Nông nghiệp hữu cơ kết hợp phương pháp canh tác truyền thống với những tiến bộ khoa học kỹ thuật nhằm mang lại lợi ích chung cho môi trường, thúc đẩy mối quan hệ bình đẳng và nâng cao chất lượng cuộc sống cho tất cả những thành phần tham gia.
Mekong Cert ra đời dựa trên các nguyên tắc

+ Các nguyên tắc về sức khỏe.
+ Các nguyên tắc về sinh thái.
+ Các nguyên tắc về sự công bằng.
+ Các nguyên tắc về sự chăm sóc.

Mục đích hàng đầu của Mekong Cert là cung cấp dịch vụ đánh giá sự phù hợp để mang tới cho cộng đồng sản phẩm tối đa hóa sức khỏe và năng suất.